Rok 2040. Cywilizacja ludzka, pamiętająca najazd kosmitów sprzed 40 lat, znów musi stanąć we własnej obronie. Tym razem obcy atakują spod oceanów i mórz. By powstrzymać najeźdźców, wojskowa organizacja X-COM musi opracować nowe technologie i nauczyć się zaawansowanych taktyk i strategii. Rozpoczyna się kolejna globalna wojna.