Fabuła gry toczy się w feudalnej Japonii. Opowiada losy dwóch ninja, Ayame i Rikimaru. Służą oni Lordowi Ghoda, jako jego tajni szpiedzy. Po jakimś czasie docierają do czarnoksiężnika Lorda, Mei-Oh. Przywołuje on demona, którego celem jest zniszczenie miasta. Ninja muszą go powstrzymać.

Japonia, XVI wiek. Rikimaru i Ayame są młodymi adeptami ninja, wierni Lordowi Gohda, który szkolił ich od najmłodszych lat. Bohaterowie eliminują swoich wrogów i zdobywają cenne informacje dla swojego mistrza. Niespodziewanie w mieście zaczyna siać spustoszenie wrogi klan, pod przywództwem czarnoksiężnika Lorda Mei-Oha. Mężczyzna przywołuje potężnego demona Onikage, którego tylko ninja mogą powstrzymać.