Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello ponownie muszą wkroczyć do akcji i pokrzyżować plany Shreddera. Arcyprzeciwnik tym razem wytacza potężne działa: porywa ich przyjaciółkę April, a Manhattan zamienia w latającą wyspę. Cztery waleczne żółwie ninja przerywają swoje wakacje, by ruszyć na oddziały Klanu Stopy.

Rozgrywka wzbogaciła się o kilka ważnych elementów, względem "The Arcade Game". Poziomy zyskały na żywotności oraz bogatszej stylistyce. Przyjdzie nam pojedynkować się na plaży we Florydzie, zrujnowanych ulicach i podziemiach Manhattanu, Technodromie, czy statu kosmicznym. Na swojej drodze spotkamy nowe rodzaje przeciwników (w tym Giant Mouserów oraz Kamiennych Wojowników), a także bossów reprezentowanych przez postacie znane z serialu "Wojownicze Żółwie Ninja": Dirtbag, Groundchuck, Slash, czy Leatherhead. Bohaterowie otrzymali dodatkowy cios specjalny (inny dla każdego żółwia), a gracze możliwość zmiany kontrolowanego gada po jego śmierci.

Rozgrywka zawiera również tryb multiplayer, w którym dwaj gracze mogą przechodzić grę w trybie kooperacji.