Gabe Logan, Ling Xian, oraz Lawrence Mujari - trójka tajnych agentów, którzy próbowali zapobiec atakom terrorystycznym stanęli przed kongresową komisją. Agenci muszą wyjaśnić podjęte przez nich kroki w ramach śledztwa związanego z wirusem Syphon Filter. Dzięki wspomnieniom, jako gracz, mamy możliwość uczestniczenia w akcjach sprzed poprzednich części, jak i w całkiem nowych misjach.