W Ninjago pojawiło się nowe zagrożenie – Ronin. Wraz z armią swoich mrocznych samurajów, Ronin kradnie wspomnienia Ninja za pomocą starożytnej broni, zwanej Obsydianową Włócznią. W "LEGO Ninjago: Shadow of Ronin", zadaniem graczy jest pomóc wojownikom  Ninja odzyskać ich wspomnienia i moce, zanim Ronin wypełni swój plan i ześle jeszcze większe zło na Ninjago.