Gra jest trawiona niezliczonymi bugami i to one są głównym zagrożeniem na każdej z map. Może nie widać tego gdy gra się na normalnym poziomie trudności i podchodzi do misji tylko kilka razy, ale na profesjonaliście to większość map musiałem powtarzać z powodu zawieszek wrogów, ich dziwnych zachowań, znikania oraz materializacji i niezliczonej ilości kolejnych.

Najbardziej zapadła mi z powodu bugów misja z ambasadorem - sama w sobie banalnie prosta do zrobienia i przeszedłbym ją, po zapoznaniu się z mapą, za 3 czy czwartym podejściem. Ale podchodziłem do niej z 20 razy - bo niezliczone błędy ciągle krzyżowały mi szyki. Najgłupszy, to gdy zamykające się drzwi uderzyły w ambasadora i wystrzeliły go jak z katapulty poza mapę.

Tragicznie było również z drogą do Hayamoto. Tą misja z tunelami i ciężarówką. Musiałem wymyślić inny sposób przejścia tej mapy, bo z powodu powtarzających się błędów każdy inny znany mi sposób się walił. Nawet gdy już, już miałem perfekcyjnie zrobić mapę - strażnicy wszczynali alarm. Bo ciężarówka któregoś z nich potrąciła. Ostatecznie, jest to jedyna misja (jak dotąd - jestem na 13 mapie) którą zrobiłem na chama i nie zyskałem statusu silent assasin.

To orytujące tym bardziej, że w pierwszej części tyle błędów nie uświadczyłem. Nie pamiętam ich także w żadnej innej części serii.