Podupadający Związek Radziecki chce odbudować swą potęgę. W związku z tym naczelne władze nakazały zbudować wehikuł czasu. Za pomocą prototypowej maszyny, pierwszy sekretarz ZSRR Anatol Czerdenko, Generał Nikolaj Krukow i naukowiec Grzegorz Zieliński cofają się w czasie i sprawiają że Albert Einstein zostaje wymazany z kart historii. Dzięki temu USA traci swoją najpotężniejszą broń - bombę nuklearną, a ZSRR zyskuję znaczną przewagę w świecie. Jednak za sprawą tej pochopnej decyzji powstaje jeszcze trzecie wielkie mocarstwo. Japonia, która nie została powstrzymana przez siły USA, utworzyła Imperium Wschodzącego Słońca. Ich wojska są o wiele bardziej zaawansowane technologicznie, przez co sprawiają kłopot dwóm pozostałym mocarstwom. Zadaniem gracza jest opowiedzieć się po jednej ze stron i zniszczyć dwie pozostałe. "Command & Conquer: Red Alert 3" to kolejna odsłona cenionej serii gier strategicznych od Electronic Arts.

Witajcie ponownie, towarzysze. Minęło zbyt wiele czasu...
Potężne sowieckie mocarstwo padło. Gdy na Kreml wkroczyły siły Aliantów, generał Krukow i pułkownik Czerdenko w desperacji postanowili skorzystać z tajnej, niesprawdzonej jeszcze broni: sowieckiego wehikułu czasu.

W przeciągu jednej chwili zmienili historię, aby doprowadzić Aliantów na krawędź zagłady, a kraj pod rządy pierwszego sekretarza Czerdenki. Jednak stłamszenie potęgi Zachodu pozwoliło na spokojną ekspansję Cesarstwa Wschodzącego Słońca, a cesarz Yoshiro postanowił wybrać ten moment na dokonanie ataku.

Gdy jego armie zagroziły zarówno siłom Aliantów, jak i Sowietów, Krukow i Czerdenko zaczynają kwestionować sens swoich posunięć...

Rozpoczyna się III wojna światowa.