W stworzonym przez człowieka podziemnym społeczeństwie, potomek generacji skazanej na wygnanie, współzawodniczy z rozpadającym się miastem Lux. Ishise- sierota, zmienia wygranego walki, tracąc wraz z tym nogę i ramię ku satysfakcji rozwścieczonego organizatora. Na granicy śmierci, zostaje zabrany przez młodą lekarkę, która następnie używa go, jako świnkę doświadczalną do kolejnej ewolucji Texhnolyz. Z jego nowymi kończynami, Ishisem opiekuje się Oonishia, lider "Organu" - organizacji współdziałającej z Luxem. Jeśli Ishis zostanie wciągnięty głębiej w wojnę o terytorium kontroli miasta, dowie się o swojej prawdopodobnej przyszłości od młodej dziewczynki proroka Rana, który przewodził nim, gdy nie zdawał sobie z niczego sprawy. Wraz z wybuchem wojny, Ishis musi ujawniać prawdę o Luxie oraz walczyć, aby przetrwać dopóki zrealizuje swoje przeznaczenie…

Niedaleka przyszłość. Lukuss. Podziemne miasto zapomniane przez Boga, gdzie o władzę walczą trzy organizacje: Organ - mafijna elita, która aktualnie przewodzi miastem, Sojusz Zbawienia - polityczno-religijna sekta, oraz Rakan - gang młodzieżowy. Ludzie po utraceniu kończyn mogą zastąpić je sztucznymi, wykorzystującymi technologię Texhnolyze. Do tego potrzebny jest jednak surowiec o nazwie Rafia, który jest niejako paliwem dla zastępczych kończyn. Surowiec wydobywany jest tylko w Lukuss. Jest już jednak na wyczerpaniu...
Ichise jest bokserem, a w zasadzie psem do walki jak to określają go właściciele. Po tym jak zadziera z gangsterami, traci on z ich inicjatywy rękę i nogę. Zaczyna się jego prawdziwe przeznaczenie...