Lojalność w kłamstwie

Akcja dzieje się 6 miesięcy po zakończeniu poprzedniego sezonu. Na świecie jest już syn Bones i Bootha - Hank. Oboje nie pracują już w Jeffersonian i FBI. Któregoś dnia Seeley wychodzi z domu do pracy dziwnie patrząc na żonę. Cam szuka zastępcy na ... miejsce Brennan, myśli o zatrudnieniu Arastoo. Tymczasem ekipa wezwana zostaje do spalonego samochodu, a w nim spopielonych zwłok. Badania, rekonstrukcja twarzy i numer broni wskazują, że jest to Booth. Jedynie Bones nie wierzy, że to jej mąż. Po poszukiwaniach okazuje się, że przeoczono jeden drobiazg, który różnił ciało młodego człowieka od Bootha. Okazuje się, że były to zwłoki Jareda - brata Seeleya. Trwają poszukiwania Bootha, włącza się w nie agentka Miller z Wydziału Wewnętrznego. W tym czasie widzimy Bootha rannego leżącego gdzieś w piwnicy.