Serial opowiada o losach zespołu śledczego rządowej agencji NCIS, który prowadzi dochodzenia związane z przestępstwami w Marynarce Wojennej i Korpusie Marines. Ów zespół prowadzi Agent Specjalny Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon), utalentowany i doświadczony inspektor, były żołnierz piechoty morskiej. Jego podwładnymi są: Anthony "Tony" Dinozzo (Michael Weatherly), były detektyw wydziału zabójstw, Timothy McGee (Sean Murray), student "M.I.T." i pasjonat komputerów, oraz, przez pierwsze dwa sezony, Agentka Caitlin "Kate" Todd (Sasha Alexander), zwerbowana z Secret Service. Po jej śmierci zastąpiła ją Agentka Mosadu - Ziva David (Cote de Pablo). Drużynie agentów pomaga doktor Donald "Ducky" Mallard (David McCallum) - patolog, który znany jest z tego, iż rozmawia ze swoimi "pacjentami".

Sezon 1:
Serial "Agenci NCIS" śledzi poczynania grupy agentów specjalnych, którzy pracując w rządowej agencji Naval Criminal Investigative Service prowadzą dochodzenia w sprawach związanych z Marynarką lub Piechotą Morską, działając poza hierarchią militarną. Kierowana przez agenta specjalnego Leroya Jethro Gibbsa (Mark Harmon), twardego i znakomicie wyszkolonego detektywa, gotowego naginać reguły, by wykonać zadanie, ta doborowa ekipa podróżuje po świecie, badając najróżniejsze sprawy od morderstw i szpiegostwa po terroryzm i uprowadzenia.

Grupa agentów rozwiązuje zagadki kryminalne mające związek z Marynarką Wojenną i Korpusem Marines. Grupą dowodzi agent specjalny Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon), doświadczony i twardy były komandos. Pracuje wraz z byłym detektywem z wydziału zabójstw Tonym DiNozzo (Michael Weatherly), specjalistką sądową Abby Sciuto (Pauley Perrette) i lekarzem sądowym doktorem Donaldem Mallardem (David McCallum). Do drużyny dołącza wkrótce Caitlin Todd (Sasha Alexander), agentka Secret Service, a także nowicjusz Timothy McGee (Sean Murray).

Sezon 2:
Dalszy ciąg niewyobrażalnej akcji i przyspieszających bicie serca przygód elitarnego oddziału agentów specjalnych, którzy działają poza hierarchią militarną. Prowadzona przez agenta specjalnego Leroya Jethro Gibbsa (Mark Harmon), twardego i znakomicie wyszkolonego detektywa, gotowego naginać reguły, by wykonać zadanie, ta zwarta ekipa ponownie udowadnia, że podróżując po świecie, badając najróżniejsze sprawy, od morderstw i szpiegostwa po terroryzm i uprowadzenia gotowa jest na największe poświęcenia.

Sezon 3:
"NCIS" sezon trzeci kontynuuje lubiane przez widzów i uznane przez krytyków, pełne akcji przygody najlepszego zespołu agentów specjalnych, którzy działają poza hierarchią militarną. Ich zwierzchnikiem jest agent specjalny Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon), twardy i znakomicie wyszkolony detektyw gotowy naginać reguły, by wykonać zadanie. Teraz muszą sobie poradzić z emocjami po śmierci jednej z nich, zabitej przez terrorystę i zaakceptować nową koleżankę. Następują także zmiany w organizacji jednostki. Czy agenci przywykną do nowej szefowej, Jennifer Shepard (Lauren Holly), która jest byłą partnerką (i to nie tylko w pracy) Gibbsa?