Zmarł na zawał serca w Lawrence (Kansas, USA). Został pochowany na cmentarzu Bellefontaine w Saint Louis (Missouri, USA).
Został wyrzucony ze szkoły w Los Alamos za przyjmowanie wodzianu chloralu.
6 września 1951 r. w mieście Meksyk, w obecności dwóch przyjaciół William zastrzelił swoją żonę Joan. Celował z pistoletu do szklanki z ginem, którą kobieta na jego prośbę umieściła na swojej głowie. Dzięki manipulacjom, jakich dokonał znajomy adwokat i fałszywym zeznaniom, Burroughs wyszedł na wolność po trzynastu dniach aresztu.
W 1994 roku wystąpił w reklamie Nike.
Był uzależniony od heroiny. Nałóg ten był głównym tematem jego utworów.
Wystąpił w następujących teledyskach:
- 1986 r. - "Language is a Virus" -
Laurie Anderson;
- 1992 r. - "Just One Fix" -
Ministry;
- 1997 r. - "Last Night On Earth" -
U2.
W 1992 roku zaprojektował okładkę singla "Just One Fix" grupy Ministry, a także wystąpił w teledysku do tej piosenki.