W 1858 roku w żydowskiej dzielnicy Bolonii żołnierze papieża Piusa IX (Paolo Pierobon) wdzierają się do domu rodziny Mortara. Z rozkazu kardynała mają zabrać 7-letniego Edgardo (Enea Sala). Chłopiec został potajemnie ochrzczony przez jego opiekunkę, gdy był mały, przez co zgodnie z papieskim prawem musi zostać wychowany w wierze katolickiej. Rodzice Edgardo nie zgadzają się z takim postępowaniem i robią wszystko, by odzyskać syna. Mortarowie są popierani przez opinię publiczną i międzynarodową społeczność żydowską, jednak Kościół katolicki i papież Pius IX nie zgadzają się na zmianę doktryny i zwrot dziecka. Staje się to przyczynkiem do bitwy politycznej, w której stawką jest demokracja i zjednoczenie Włoch.

1851. Edgardo Mortara jest szóstym dzieckiem żydowskiej rodziny z Bolonii. Uważając go za chorego i umierającego, chrześcijańska służąca Anna Morisi potajemnie udziela mu chrztu. Dziecko przeżywa, ale siedem lat później Anna wyznaje informację o chrzcie Pierowi Felettiemu, szefowi bolońskiego biura Świętej Inkwizycji. Feletti postanawia odebrać dziecko rodzinie, sakrament uczynił dziecko nieodwołalnie katolickim, nie może być wychowywany przez niechrześcijan.

Bolonia, rok 1858. Gwardia Papieska przybywa do żydowskiej dzielnicy i z domu rodziny Mortrarów zabiera małego Edgardo. Okazuje się, że chłopiec został potajemnie ochrzczony przez opiekunkę, a prawo nakazuje, żeby został wychowany na katolika. Sprawa ma wymiar polityczny - porwanie ma być sposobem na umocnienie władzy słabnącego Kościoła. Zrozpaczeni rodzice próbują za wszelką cenę odzyskać dziecko.