Na pierwszy rzut oka Martin wygląda jak normalny, zdrowy człowiek. Ma on jednak kilka dziwnych cech: po pierwsze jest geniuszem, ale najbardziej zadziwiający jest fakt, że jego ojcem był profesor Brundle, którego molekuły wymieszane zostały w trakcie doświadczenia z molekułami zwykłej muchy. Teraz to tylko kwestia czasu, kiedy zmutowane geny dadzą o sobie znać...

Po śmierci Setha Brundle'a (Jeff Goldblum), młodego naukowca, którego organizm w wyniku eksperymentów z teleportacją połączył się z kodem genetycznym muchy, jego syn Martin (Eric Stoltz) zaczyna zdradzać symptomy zaburzeń w genotypie. Chłopak już w wieku kilku lat staje się dojrzałym mężczyzną, co budzi ogromne zainteresowanie służb wojskowych. Mutant zdaje się bowiem posiadać cechy idealnego żołnierza. Wygląda na to, że naukowcy nie doceniają drzemiących w nim zdolności. Martin razem ze swoją dziewczyną próbuje wymknąć się ludziom, którzy chcą wykorzystać go do swoich celów.

Pomimo normalnego wyglądu, Martin (Eric Stoltz) jest najbardziej niezwykłą żywą istotą. Ma dopiero pięć lat, jednak jest w pełni dojrzałym osobnikiem. Jest także synem człowieka muchy! Teraz to tylko kwestia czasu, kiedy uaktywnią się jego zmutowane geny.