"Mistrz" to fascynująca historia spotkania wizjonera, który głosi, że odkrył zagadkę istnienia (Philip Seymour Hoffman), i człowieka, który mu uwierzył i zaczął ślepo wypełniać jego polecenia (Joaquin Phoenix). To opowieść o pragnieniu władzy i miłości, o mrokach ludzkiej duszy i odwiecznej tęsknocie za swoim miejscem na ziemi.

Dramat osadzony w latach 50. Charyzmatyczny intelektualista Dodd (Philip Seymour Hoffman) zakłada religijną organizację, a młody włóczęga (Joaquin Phoenix) staje się jego prawą ręką. Gdy organizacja zaczyna się rozprzestrzeniać w Stanach Zjednoczonych, włóczęga zaczyna kwestionować system wiary i swojego mentora.

Po kapitulacji Japonii miliony młodych Amerykanów wracają do swojego kraju. Wielu z nich znajduje się na granicy załamania nerwowego. Jednym z takich mężczyzn jest Freddie Quell (Joaquin Phoenix). Były marynarz nie potrafi odnaleźć się w powojennym świecie. Nadużywa alkoholu i zachowuje się agresywnie. Z powodu picia traci każdą pracę, jaką uda mu się znaleźć. Pewnego dnia Freddie spotyka charyzmatycznego Lancastera Dodda (Philip Seymour Hoffman), pisarza, filozofa, a przede wszystkim przywódcę rozwijającej się sekty, której członkowie bezgranicznie wierzą w głoszone przez niego nauki. Freddie staje się inspiracją dla Lancastera. Mistrz postanawia mu pomóc i przystosować do życia w społeczeństwie. Stopniowo Freddie dostaje się pod coraz większy wpływ Mistrza.