Po stracie matki Mahito wraz ojcem opuszcza Tokio i przeprowadza się na wieś. Zdystansowany do nowej, otaczającej go rzeczywistości zaczyna odkrywać niezbadaną okolicę i dom. Pewnego dnia przypadkowo spotyka zagadkową, mówiącą ludzkim głosem czaplę siwą, która nieoczekiwanie staje się jego przewodnikiem. Ptak stopniowo pomaga chłopcu rozwikłać tajemnicę życia, zabierając go do magicznego świata, gdzie przeszłość miesza się z teraźniejszością.
"Chłopiec i czapla" to najnowsza, wizjonerska animacja mistrza gatunku Hayao Miyazakiego, który w wielkim stylu powraca na ekrany po dziesięciu latach. Film, okrzyknięty w Japonii arcydziełem, to nie tylko opowieść o stracie i przemijaniu, to także popis niczym nieograniczonej wyobraźni.

Rok 1943, wojna na Pacyfiku zbiera śmiertelne żniwo. W nalotach na Tokio ginie matka 12-letniego Mahito (Soma Santoki). Ojciec chłopca, właściciel fabryki amunicji lotniczej, wkrótce bierze ślub z młodszą siostrą zmarłej małżonki, po czym razem ewakuują się do jej posiadłości na prowincji. Mahito ma problemy z dostosowaniem się do nowego miejsca. Nie tylko nie pasuje do szkoły, ale też jego relacje ze spodziewającą się dziecka macochą stają się napięte. Pewnego dnia chłopiec spotyka tajemniczą czaplę, która nie chce dać mu spokoju.

Podczas II wojny światowej i bombardowania Tokio jedenastoletni Mahito Maki traci matkę. Ojciec chłopca żeni się niebawem z Natsuko, młodszą siostrą swojej zmarłej żony i przenosi się z rodziną do domu na wsi. Przygnębiony Mahito, pełen niepokoju w związku z nową sytuacją, niechętnie zaczyna odkrywać okolicę. Tak poznaje tajemniczą, mówiącą ludzkim głosem czaplę siwą i trafia na opuszczoną wieżę w pobliskim lesie, do której wejście rozpoczyna ciąg zaskakujących i cudownych wydarzeń.