Mario, Luigi, Księżniczka Peach, Księżniczka Daisy oraz grupa Toadów i Yoshi zostają zaproszeni do sąsiedniego Królestwa Kwiatów przez jego władcę, Księcia Floriana, aby obejrzeć pokaz Cudownego Kwiatu – niezwykłego skarbu, który ma moc zmieniania rzeczywistości. Bowser nieoczekiwanie przerywa ceremonię i przywłaszcza sobie Cudowny Kwiat, używając jego mocy do połączenia się z zamkiem Księcia Floriana i przekształcenia siebie w gigantyczną latającą twierdzę, a także więzi mieszkańców Królestwa Kwiatów.